Podczas rekonwalescencji po zamachu, Jan Paweł II zażyczył sobie, aby kule, od których miał zginąć umieszczono między klejnotami korony posągu Matki Boskiej Fatimskiej. Drugie życzenie było zaskakujące jeszcze bardziej: mówi się, że poprosił o dokumenty fatimskie. Spekulacje na temat trzeciej przepowiedni wciąż trwały. Siostra Łucja wciąż żyła w klasztorze, ale zobowiązana do dochowania tajemnicy wciąż milczała. Na ujawnienie tej tajemnicy czekano od bardzo dawna, ale jeszcze bardziej bano się jej. Po powrocie do zdrowia, papież dziękował Matce Boskiej Fatimskiej za uratowanie życia. W 1984 r. papież bez rozgłosu tymczasowo umieścił figurę Matki Boskiej Fatimskiej w swojej prywatnej kaplicy. Klęcząc tam godzinami, prosił o pomoc. Po roku modlitw na Kremlu zaczęły następować zmiany w kierunku upadku reżimu. Komunizm ostatecznie upadł: najpierw wyzwoliła się spod jego wpływów Polska. Dla wielu powiązanie tych wszystkich wydarzeń jest dowodem na spełnianie się przepowiedni fatimskich. Zaczęto spekulować, że Jan Paweł II ujawni ową trzecią tajemnicę.
Została ona zapisana w 1944r., a cała opinia publiczna przez ten cały czas spekulowała, co do jej treści. Właściwym momentem na ujawnienie tajemnicy, Jan Paweł II uznał rok 2000, rozpoczynający trzecie tysiąclecie. Był to także wielki jubileusz narodzin kościoła katolickiego. W osiemdziesiątą trzecią rocznicę objawień fatimskich prawie milion pielgrzymów zgromadziło się na uroczystości beatyfikacji Hiacynty i Franciszka. Był to pierwszy krok do uznania ich za świętych. Siostra Łucja siedziała obok papieża, słuchając słów trzeciej tajemnicy. Tajemnica ta ukazała anioła, trzymającego miecz w lewej dłoni. Wyciąga on prawą rękę nad ziemią, powtarzając słowo pokuta. W tej wizji, biskup ubrany na biało prowadzi procesję kapłanów przez na pół zniszczone miasto, a dalej pod stromą górę. Klęka przy krzyżu, modląc się za zmarłych. Nagle został zaatakowany przez żołnierzy, którzy doń strzelają, biskup pada, a wszyscy zostają zabici. Trzecia tajemnica ujawniała wizję rzezi. Jest o niej głośno na całym świecie. Jan Paweł II, znając wizję wcześniej, zinterpretował ją w kategorii własnego życia i własnych doświadczeń. Wierzył, że Matka Boska Fatimska uratowała mu życie. W przepowiedni jednak jest mowa o gradzie kul i strzał i śmierci, a papież przeżył. Przypuszcza się także, że istnieją dwa dokumenty dotyczące tej tajemnicy, z czego jeden opublikowano, a drugi nie. Przesłania z Fatimy sprowadzają się do jednego: na świecie istnieje wielkie zło, któremu trzeba się przeciwstawić jedynie przez osobiste wewnętrzne nawrócenie.